Ngôn ngữ này thiếu vắng âm tắc hữu thanh.

Hệ thống nguyên âm gồm /i/, /u/, /e1/, /e2/, /o/, /a/, /ə/. /e1/ và /e2/ đọc y hệt nhau nhưng có đặc điểm âm vị học khác nhau.

Một đặc điểm nổi bật của tiếng Chukchi là hệ thống hài hoà nguyên âm chủ yếu dựa trên độ cao nguyên âm: /i, u, e1/ biến thành /e2, o, a/. Nhóm sau gọi là "nguyên âm trội", nhóm trước là "nguyên âm lặn"; khi một từ có nguyên âm "trội" ở bất kỳ đâu, tất cả nguyên âm "lặn" trong từ đó trở thành nguyên âm "trội" tương ứng. Âm /ə/ không biến đổi nhưng có thể khởi phát sự hài hoà nguyên âm, như thể nó là nguyên âm trội.

Cụm phụ âm không xuất hiện ở đầu và cuối từ.